Вооружённое Детективное Агентство (ВДА)
Директор: Фукудзава Юкичи
Зам Директора: Куникида Доппо

Местоположение: Второй этаж небольшого здания в центре города.
Детективное агентство в концепции трёх времён является «хранителем вечера» или «сумерек». Основная его цель – поддержание мира и равновесия в городе. Члены ВДА специализируются на довольно опасных делах, перед которыми оказываются бессильны армия и военные. Основной состав представлен группой эсперов, однако среди членов агентства достаточное количество и простых людей, которые, однако, не участвуют в операциях и в случае необходимости эвакуируются в безопасные зоны.
Все, кто хочет вступить в ВДА, обязаны пройти экзамен, который определит, действительно ли они готовы защищать людей даже ценой своей жизни. Правда, перед этим всех желающих ждёт очень сложный тест, отсеивающий, примерно, 90% претендентов.
Цели: Агентство против убийств, его основная цель – спасать и защищать город и его жителей даже ценой своей жизни.

Портовая Мафия
Босс: Мори Огай
Правая рука босса: Дазай Осаму

База: Высокое здание в центре города. Обладает более чем 15 этажами.
Портовая мафия в концепции трёх времён является «хранителем ночи». Это едва ли не крупнейшая Организация в Йокогаме, обладающая огромным влиянием со строгой иерархической системой, в которую входит: 
- Босс портовой Мафии, обладающий безграничной властью над своими подчинёнными. Любое его слово - закон. Сместить Босса возможно лишь одним путём - убийством. Причём, убивший сам становится Боссом, если является частью Портовой Мафии и сможет выстоять после убийства Босса против Глав. Если Босса убьёт кто-то вне мафии, Боссом станет один из Глав.
- Правая рука Босса/Заместитель Босса, обладающий практически безграничной властью. Он также может управлять членами мафии, словно пешками и отправлять их на смерть или танцы на льду. Любой его приказ - это приказ Босса. Единственные, кто могут не подчиниться его приказу - это Главы, но только при веских основаниях. Правую руку выбирает исключительно Босс и только из Глав. Сместить того может только смерть, а также прямой приказ Босса.
- Четверо глав, не считая Правой руки, это люди, обладающие громадной властью. Они безоговорочно подчиняются только Боссу, могут опровергнуть слова Правой руки, если у них на то есть крайне веские основания. Такое происходит безумно редко, ибо если пойти против Правой руки, это равносильно пойти против Босса. Избирает Глав и увольняет их только Босс. Обязанность Глав - поддержание и приумножение силы, влияния, капитала Портовой Мафии. У каждого Главы должен быть минимум один или два эсперов в учениках. Данное правило касается и Правой руки. У Глав есть свой дресс-код - они обязаны носить на плечах чёрные плащи.
- Эсперы в Портовой мафии, обладают сомнительной властью. Они не могут увольнять работников или указывать начальникам отделов, как тем работать. Всё, что может приказать эспер - это собраться солдатам на миссию, либо выдвинуть требование на быструю проверку тех или иных данных. У эсперов ПМ нет своего дресс-кода. Единственное требование к ним - это сдержанность в цветовых гаммах одежды. За нечто яркое, по типу розовых кофточек, открытие, по типу откровенных бюстгальтеров или шорт, эспера могут избить до полусмерти Главы.
- Начальники отделов, подчиненные этих начальников и обычные солдаты не обладают почти никакой властью. Начальники управляют исключительно своими отделами, подчиненные с солдатами вовсе легко заменимые люди, которые считаются чуть ли не мясом. Отношение к ним у большинства Начальников, а также Глав и Босса, соответствующее.

Исключением из иерархии является особая бумага, подписанная лично Боссом - "Серебряный дракон". Ее обладатель может отдавать указания кому угодно, даже Правой руке и Главам.

Во власти Портовой Мафии находятся не только некоторые предприятия, её члены зачастую связаны с политикой и экономикой города, кроме того, они  также связаны со многими влиятельными людьми, которых могут как поддержать, так и устранить в случае необходимости. У Портовой мафии достаточное количество оружия и преданных людей, кроме того, она обладает едва ли не сильнейшими эсперами, которые могут в полной мере использовать свои способности.

Отдел по Делам Одарённых
Глава: Сантока Танэда
Местоположение: здание правительства
Отдел по делам Одарённых в концепции трёх времён является «хранителем дня». Деятельность данной организации направлена на наблюдение и контроль за одарёнными, задержание и изоляцию особо опасных одарённых, а так же поддержание порядка в Йокогаме. У Отдела есть информация касательно всех эсперов, о которых им удалось узнать, а так же об организациях. Для них в порядке вещей внедрять некоторых своих сотрудников в другие  Организации для наблюдения и сбора информации относительно них. При необходимости Отдел имеет полное право устранить нелегальную организацию, задержать и изолировать особо опасных эсперов в случае если их деятельность является преступной и опасной для жителей города. Притом, что деятельность данной Организации законная, и работают они на правительство, члены Отдела так же могут при необходимости проводить тайные встречи с представителями прочих Организаций и вести с ними дела.
Отдел по Делам Одарённых так же выдаёт лицензии, благодаря которым деятельность организаций, в рядах которых эсперы, может считаться легальной.

Гильдия
Лидер: Фрэнсис Скотт Кей Фицджеральд
База: Круизный лайнер.
Цель: Неизвестна.
Североамериканская организация, на данный момент не объявившаяся в Йокогаме. Гильдия обладает огромными ресурсами, к тому же сфера её влияния не ограничивается исключительно Северной Америкой. Большинство членов гильдии – люди влиятельные и успешные, они вполне способны надавить в том числе и на правительство. У гильдии достаточно средств, чтобы удовлетворить практически любую прихоть лидера или её членов.

Крысы Мёртвого Дома
Главарь: Фёдор Достоевский
Цель:  неизвестна.
Точно сказать о количестве людей в данной подпольной организации сказать невозможно (вербуются самим Достоевским и порою не знакомы друг с другом). Организация эта скрытная, предпочитающая действовать исподтишка и с умом, предугадывая  возможные ходы противника и действуя на опережение. Они не руководствуются никакими моральными принципами, и количество жертв среди простого населения (не одарённых) их так же не волнует. Для достижения поставленной пред ними задачи они  вполне могут подставить, убить, стравить сильных эсперов или же организации. Известно, что некоторые из Крыс истинно преданы главарю, другие стали её членами на выгодных для них условиях. На данный момент не находятся на территории Йокогамы.